Die in der Hochleistungsflüssigkeitschromatographie am häufigsten anzutreffende Kombination von chromatographischem System und Detektor ist für die meisten Analyten die Methode der ersten Wahl, wenn routinemäßige qualitative oder quantitative Bestimmungen von Substanzen etabliert werden sollen. Neben der Retentionszeit steht als zweiter Identifizierungsparameter das UV/Vis-Spektrum zur Verfügung, welches über den automatischen Vergleich mit einer Spektrendatenbank die schnelle Zuordnung zu einer bekannten Referenz ermöglicht.

Der Einsatz eines Verdampfungs-Lichtstreudetektors (ELSD - Evaporative Light Scattering Detector) ermöglicht die universelle Detektion von Substanzen, die weder eine UV-Absorption hervorrufen, noch über einen geeigneten Brechungsindex verfügen. Die Signalintensität des Detektors wird in erster Linie von der molaren Masse des zu detektierenden Stoffes bestimmt. Funktionelle Gruppen haben nur wenig Einfluss. Der Detektor eignet sich gut für Gradientensysteme, da UV- bzw. Brechzahl-Eigen­schaften des Fließmittels nur geringen Einfluss auf die Basislinie haben.

Unter LC-MS wird die Verbindung von Flüssigchromatographie und Massenspektrometrie verstanden. Die Chromatographie dient dabei der Auftrennung, die Massenspektrometrie der Identifikation von Substanzen in Gemischen. Durch die Kopplung beider Methoden steht als Ergebnis für jeden Punkt des Chromatogramms ein Massenspektrum zur Verfügung. Dadurch wird es möglich die chemische Struktur einzelner Bestandteile in Gemischen aufzuklären. Der Einsatz hochauflösender Massen­spektro­meter ermöglicht eine direkte Bestimmung der Summenformel der Komponenten.

Die Kopplung von Flüssigkeitschromatographie und NMR-Spektroskopie ist eine der aussage­kräftig­sten und leistungsfähigsten analytischen Methoden zur Strukturaufklärung von Verbindungen in Mischungen. Prinzipiell werden drei Arten der LC-NMR-Kopplung unterschieden: die continous-flow-, die stopped-flow- und als modernste und anwenderfreundlichste die LC-SPE-NMR-Technik. Diese ermöglicht durch den Einsatz des so genannten post-column Peak-Trappings die gezielte Anreicher­ung einzelner Substanzpeaks und so auch eine Strukturaufklärung von Nebenkomponenten in komplexen Mischungen, wie Naturstoffextrakten oder Proben aus Stresstests pharmazeutischer Wirk­stoffe.

Die präparative HPLC unterscheidet sich von der analytischen insbesondere durch ihre Zielsetzung. Während das Ziel einer analytischen HPLC-Trennung in der Gewinnung von qualitativen oder quanti­tativen Informationen über die untersuchte Probe liegt, ist das Ziel der präparativen HPLC, die maximale Menge eines oder mehrerer Probenbestandteile in einer gewünschten Reinheit mit minimalem Zeitaufwand zu isolieren. Dementsprechend unterscheiden sich auch die Anforderungen an eine optimale Trennung. Während in der analytischen HPLC die Steigerung von Auflösung, Empfindlichkeit oder Präzision im Vordergrund stehen, sind bei der präparativen HPLC die Maximierung der Beladung, die Minimierung des Lösungsmittelverbrauches und die Optimierung der Fraktionierung die entscheidenden Parameter.

Die präparative MPLC nimmt eine Zwischenstellung zwischen der präparativen HPLC und der klassischen Normaldruckchromatographie ein. Sie vereint die Vorteile beider Verfahren. Die in einem chromatographischen Lauf separierbare Probenmenge ist mit der der Normaldruckchromatographie vergleichbar. Gleichzeitig stehen jedoch die automatischen Detektions- und Fraktionierungs­möglich­keiten der präparativen HPLC zur Verfügung. Die präparative MPLC ist deshalb die Methode der Wahl, wenn größere Probenmengen aufgearbeitet werden müssen, die hohe Auflösung der präparativen HPLC aber nicht unbedingt erforderlich ist.

Die Kopplung von Gaschromatograph und Massenspektrometer ist eine der effizientesten analytisch­en Techniken, wenn verdampfbare Substanzen mit relativ geringer Molekülmasse (M < 1000 amu) identifiziert oder quantifiziert werden sollen. Wie auch in der LC-MS steht durch die Kopplung für jeden Punkt des Chromatogramms ein Massenspektrum zur Verfügung. Der automatisierte Abgleich mit kommerziellen Datenbanken, die die Massenspektren mehrerer 100.000 Verbindungen enthalten, ermöglicht eine effiziente Klassifizierung des Spektrums der Inhaltsstoffe unbekannter Proben. Dies macht die GC-MS z.B. zu einer sehr leistungsfähigen Technik in der Metabolitenanalyse.